Desa Klakah berada di dataran tinggi yang berbatasan langsung dengan Gunung Merapi dan diapit oleh dua sungai besar, yaitu Sungai Apu dan Sungai Juweh. Desa Klakah ini mempunyai luas wilayah sekitar 626.0890 hektar dengan perincian 160.109 hektar sebagai wilayah yang menjadi hunian masyarakat atau wilayah permukiman (dataran) dan sekitar 465.98 hektar sebagai wilayah pertanian dan berbatasan langsung dengan Kabupaten Magelang.
Peta Desa Klakah dan Sekitarnya
Desa Klakah dibagi 6 dusun, yaitu Sumber, Bakalan, Bangunsari, Klakah Ngisor, Klakah Tengah, dan Klakah Nduwur. Dusun Sumber merupakan daerah dataran tinggi dan berada kurang lebih empat kilometer dari puncak Gunung Merapi.
Selain itu, desa Klakah mempunyai bentuk topografi perbukitan dan pegunungan. Hal ini disebabkan karena letaknya di Lereng Gunung Merapi, evelasi topografi berkisar EL +900-1300 mdpl.
